Аннотация:Необходимость обработки быстро растущих баз данных с трёхмерными структурами белков привела к появлению множества эффективных методов для структурного анализа, в том числе и с помощью нейросетевых подходов. В данной работе рассматриваются вопросы об актуальности, существующих подходах и алгоритмах решения задачи поиска структурно схожих белков для заданного белка. Исследуется применимость графовых нейронных сетей для решения такой задачи. Предложен и реализован алгоритм, основанный на переводе трёхмерной структуры белка в вектор фиксированной длины (представление белка) и переходе к векторным сравнениям и поиску.