|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
Молекулярное моделирование кислотной амид-имидной таутомеризации в растворедипломная работа (Специалист)
- Научный руководитель: Поляков Игорь Вадимович
- Автор: Бабчук Илья Владимирович
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Год защиты: 2019
- Аннотация: Одним из наиболее биологически важных классов органических соединений являются аминокислоты (АК). Наличие в молекулах АК кислотной и основной функциональных групп, а так же боковых цепей различной природы приводит к богатым и разнообразным биохимическим свойствам данных соединений, одним из которых является способность к таутомеризации. Особое место среди подобных процессов занимает амид-имидная таутомерия, имеющая место в аспарагиновых и глутаминовых остатках в белковых молекулах. В последнее время всё чаще начинают появляться сообщения о возможном образовании имидной формы в качестве интермедиата химических или фотохимических реакций в активных центрах различных белковых систем [1]. В рамках данной работы было проведено молекулярное моделирование кислотной амид-имидной таутомерии в газовой фазе, растворе (с использованием явных и неявных моделей растворителя), в кластерной системе, имитирующей минимальное белковое окружение, а также в самом белке с использованием различных квантово-химических методов расчёта. Получена оценка характеристических частот колебаний для амидной и имидной функциональных групп. Рассчитан кинетический изотопный эффект (КИЕ) и эффективная константа скорости для ферментативной реакции гидролиза гуанозинтрифосфата в рамках механизма с учетом амид-имидной таутомерии. Полученные в результате вычислений данные сравнивались с соответствующими экспериментальными величинами. Результаты работы показали, что имидная форма в газовой фазе и растворе менее стабильная, чем амидная, однако может быть стабилизирована соответствующим окружением. В белках имидная форма может быть стабильнее амидной, что говорит о возможности протекания реакций с образованием имидных интермедиатов. Данный вывод подтверждён расчётом КИЕ и эффективной константы скорости на примере реакции гидролиза гуанозинтрифосфата белковым комплексом Ras*GAP. Были предложены оценочные значения частот характеристических колебаний для имидной группы в растворе.
- Добавил в систему: Поляков Игорь Вадимович
Прикрепленные файлы
| № | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
|---|---|---|---|---|---|
| 1. | Полный текст | предпоследняя редакция текста с пометками рецензирования | Babchuk_Ilya_Vladimirovich_VKR_2019_IPed.docx | 3,6 МБ | 27 декабря 2019 [polyakoviv] |
| 2. | презентация доклада защиты, предпоследняя редакция | Babchuk_VKR_IB_IPed_1.pptx | 4,2 МБ | 27 декабря 2019 [polyakoviv] |