Аннотация:Активация тромбоцитов, приводящая к их адгезии, агрегации и формированию прокоагулянтной поверхности, играет ключевую роль в процессах тромбоза и гемостаза. Тромбоциты в ходе своей активации с необходимостью запускают механизм кальциевой сигнализации. Как и в многих клетках, в тромбоцитах при этом могут наблюдаться осцилляции концентрации кальция в цитоплазме. Эти осцилляции состоят в том, что ионы кальция, движимые системой разнонаправленных ионных насосов, перекачиваются из внутренней сети цистерн (т.н. Плотная Тубулярная Система) в цитоплазму и обратно.
Хоть сами осцилляции и происходят не слишком часто (частота 1 Герц), из-за специфики системы насосов со множеством обратных связей получается так, что повышение уровня кальция каждый раз происходит резким скачком (от 0.05 до 0.6 мкМ за полсекунды с производной до порядка 0.05 мкМ/мс), и это с учётом плотной неоднородной структуры тромбоцита вызывает вопросы о том, а можно ли действительно считать, что ионы кальция равномерно распределены по всему тромбоциту в ходе такого выброса.
В современных работах по математическому моделированию внутриклеточной сигнализации в тромбоците принято абстрагироваться от геометрии (т.н. компартментальные модели), оправдывая это тем, что размеры тромбоцита малы, однако, строго говоря, это нужно доказывать с учётом дополнительных факторов, которые потенциально могут нарушить условия хорошего перемешивания на временном масштабе несколько сотен миллисекунд.
Целью настоящей работы является оценка потенциальной ошибки в моделировании, к которой может привести пренебрежение геометрией.
В работе построена компьютерная модель упрощенной системы кальциевого транспорта тромбоцита, состоящей из каналов и помп, расположенных на плотной тубулярной системе. Численное интегрирование модели проводится в среде VCell (неявная схема) в условной геометрии тромбоцита, и по результатам делаются количественные оценки для возможных неоднородностей решения.