|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
Интеллектуальная Система Тематического Исследования НАукометрических данных |
||
Полногеномный анализ трансляции малоизученных рамок считывания у мышей разных возрастовдипломная работа (Специалист)
- Научные руководители: Гладышев В.Н., Дмитриев С.Е., Кулаковский И.В.
- Автор: Меерсон Марк Борисович
- Тип: Специалист
- Организация, в которой проходила защита: МГУ имени М.В. Ломоносова
- Год защиты: 2018
- Аннотация: Белковые молекулы выполняют большую часть функций в живой клетке. Согласно основной догме молекулярной биологии, информация о белке закодирована в ДНК, на матрице которой в процессе транскрипции синтезируется РНК. РНК в свою очередь является матрицей для синтеза белка (трансляции). Эукариотический геном содержит в процентном соотношении очень мало белок-кодирующих последовательностей. В последнее время все больше работ посвящены поиску новых областей, кодирующих белки, новых открытых рамок считывания (ОРС). Это происходит в том числе благодаря тому, что набирает популярность современный метод рибосомного профайлинга, который позволяет изучать трансляцию в полногеномном масштабе. Рибосомный профайлинг позволяет определить области РНК, связанные с рибосомами, то есть участвующие в трансляции. Создано несколько программ, позволяющих по данным рибосомного профайлинга находить так называемые короткие рамки считывания в аннотированных транскриптах. Опубликовано также много работ, показывающих изменение транскриптома и протеома с возрастом. Комбинирование этих подходов открывает возможности для исследования малоизученных открытых рамок считывания и их возрастной динамики. Помимо малоизученных ОРС в известных генах, в геноме могут содержаться и другие. В частности, не опубликовано работ, посвященных поиску ОРС в повторяющихся элементах генома, в том числе в мобильных генетических элементах (МГЭ), которые составляют существенную часть геномов большинства эукариотических организмов и млекопитающих, в частности. Анализ данных рибосомного профайлинга в приложении к экспрессии МГЭ может открыть картину их трансляционной активности, позволить обнаружить неизученные активные ОРС и, вкупе с данными РНК-секвенирования, качественно и количественно охарактеризовать изменение их трансляции в различных условиях (например, при старении организма). В нашей лаборатории получены библиотеки прочтений рибосомного профайлинга из почки и печени мышей разных возрастов. Целью данной работы является поиск транслируемых неаннотированных ОРС в геноме мыши по данным рибосомного профайлинга. В рамках настоящей работы были поставлены следующие задачи: 1. Найти транслируемые неаннотированные ОРС в аннотированных участках генома с помощью существующих программных пакетов и оценить изменения трансляционной активности найденных ОРС с возрастом; 2. Разработать методику и провести поиск транслируемых ОРС в повторяющихся элементах генома; 3. Найти повторяющиеся элементы генома (или их участки), изменяющие свою трансляционную активность с возрастом.
- Добавил в систему: Дмитриев Сергей Евгеньевич