Организация, в которой проходила защита:МГУ имени М.В. Ломоносова,
кафедра медицинской физики физического факультета МГУ
Год защиты:2015
Аннотация:Задачи полномасштабной классификации мутаций рака – одна из основных задач биоинформатики 21 века. В частности, эпигенетические изменения играют ключевую роль в перестройке генома из состояния «нормальный» в состояние «опухоль». Задача состоит в выяснении физико-биологических факторов накопления мутаций в определенных областях и понимании принципов и механизмов эпигенетических модификаций.
Для исследования были взяты самые поздние данные по мутациям разных видов рака, сделанные в рамках проекта TCGA (The Cancer Genome Atlas). Была взята самая точная, известная на сегодняшний день благодаря технологиям NGS, карта расположения нуклеосом в геноме человека, а также карты модификации гистонов. Была использована разметка генома человека структурами стебель-петля. Были найдены корреляции между расположением мутаций и позициями нуклеосом, а также с положением вторичных структур ДНК. Полученные результаты говорят о неслучайном расположении раковых мутаций. Получено статистически значимое обогащение мутациями областей, покрытых нуклеосомами. Найдена корреляция между границами нуклеосом и расположением структур стебель-петля. Требуются дальнейшие исследования, чтобы понять механизмы регуляции положений нуклеосом вторичными структурами ДНК, и их связь с раковыми мутациями.