ИСТИНА

В конце 90-х гг ХХ века было доказано наличие небольшой, около 5-10%, фракции фетальной ДНК, свободно циркулирующей в кровяном русле матери вне клеток. На основе использования платформ для высокопроизводительного секвенирования, появившихся в начале XXI века, были разработаны подходы к диагностике наличия анеоплоидий у плода по внеклеточной ДНК в крови матери. Серия научных работ подтвердила высокую чувствительность и специфичность методики, что в итоге привело к внедрению коммерческого теста в США и Китае в клиническую практику. Ранее NIPT осуществлялась на наиболее производительных платформах типа SOLiD 5500 и Illumina HiSeq, так как алгоритмы обработки результатов, основанные на оценке доли представленности каждой хромосомы в массиве данных секвенирования, успешно работают с большим количеством прочтений, измеряемым миллионами ридов на образец. Недавно на рынке появилась платформа Ion Proton, основанная на технологии полупроводникового секвенирования и обладающая в первом приближении необходимым уровнем производительности для применения в NIPT. Нами был разработан алгоритм обработки данных секвенирования, протокол подготовки образцов под платформу Ion Proton, а также проведено исследование первых 50 образцов (36 нормальных, 8 с трисомией по 21 хромосоме, 4 с трисомией по 18 хромосоме, 2 с кариотипом 45X) внеклеточной ДНК (10-14 неделя беременности) на выборке с известным клиническим диагнозом плода, поставленным инвазивными методами. Образцы были секвенированы с использованием химии v2 и v3 и чипа Ion Proton PIv2. На одном чипе мультиплексировали 5 образцов. В среднем для каждого образца было получено 6,5 млн. ридов. По нашим оценкам достаточным для анализа является 5 млн. ридов на образец, что выполнялось для 28 нормальных образцов, 7 с трисомией по 21 хромосоме, 3 с трисомией по 18 хромосоме и 2 с кариотипом 45X, все эти образцы удалось диагностировать правильно. Мы можем утверждать, что Ion Proton по своим характеристикам удовлетворяет требованиям к диагностике методом NIPT и может быть использовано для этих целей.