ИСТИНА

Для повышения специфичности взаимодействия лиганд-мишень используются локальные структурные шаблоны взаимодействия, такие как водородные связи, π-π стекинг взаимодействие, катион-π взаимодействия, галогеновое связывание и другие. В последнее время в качестве такой дополнительной структурной особенности предложено использовать π-стекинг ароматических систем лиганда и амидных фрагментов основной цепи белка мишени. Однако авторы статьи сделали предположение, что атомные заряды не смогу верно описать электростатическую составляющую этого взаимодействия. В работе показано, что возможно надежное воспроизведение энергетического эффекта π-стекинга ароматических систем лиганда и амидных фрагментов основной цепи белка мишени в рамках классических силовых полей молекулярной механики (GAFF) с применением атомных зарядов для описания электростатической части. Более того, такое описание предпочтительно в сравнении с простой дипольной моделью, поскольку дает более детальную картину. Наиболее качественно и количественно верные результаты получены с применением зарядов, основанных на воспроизведении молекулярного электростатического потенциала (MK-ESP, RESP, AM1-BCC). Из эмпирических методов расчета зарядов наилучшие результаты получены с использованием метода ДРЭО и MMFF94, параметры которых также подобраны для оптимального воспроизведения электростатического потенциала.