ИСТИНА

Современные технологии «секвенирования следующего по- коления» позволяют проводить тотальный анализ экспрессии генов даже у видов растений с недостаточной информацией о структуре генома. К таковым относится горох посевной, важ- ная сельскохозяйственная культура и модельный объект сим- биотической генетики. Преимуществом использования гороха для изучения развития симбиозов является наличие уникаль- ных мутантов с нарушениями органогенеза клубеньков. Ана- лиз экспрессии генов путем секвенирования транскриптома у таких мутантов предоставляет великолепную возможность для изучения генно-метаболических сетей при клубенькообра- зовании. В работе были изучены транскрипционные профили микроРНК и мРНК путем секвенирования на приборе IlluminaGA II X трех вариантов библиотек кДНК: (1) из корней расте- ний линии «дикого типа» SGE, (2) клубеньков линии SGE и (3) клубеньков мутантной линии SGEapm (cochleata) с нарушени- ем органогенеза клубеньков. Путем сравнения с базой данных miRBase, версия 20 (http://www.mirbase.org/), было иденти- фицировано более 100 консервативных последовательностей микроРНК гороха. Для ряда микроРНК показана разница в уровне экспрессии в изученных библиотеках. Также проведен поиск транскриптов-мишеней дифференциально экспрессиру- ющихся микроРНК с помощью программы psRNATarget. На основании объединенных данных секвенирования трех вари- антов библиотек кДНК с использованием программы Trinity (http://trinityrnaseq.sourceforge.net/) были собраны 50703 кон- тига, соответствующие генам гороха, экспрессирующимся в корнях и клубеньках. В настоящее время проводится анноти- рование выявленных вариантов транскриптов, классификация их по функциональным группам и анализ дифференциальной экспрессии. Исследование представляет собой первый пример анализа дифференциальной экспрессии генов гороха у мутанта с нарушениями органогенеза клубеньков. Результаты работы являются основой построения моделей генно-метаболической сети, контролирующей развитие азотфиксирующих клубеньков бобовых растений.