ИСТИНА

При изучении структуры связанной воды в биофизике важное место имеет точное знание о координатах молекул, поскольку от их геометрического положения и, следовательно, энергетических характеристик, зависит структура и функция самой биологической системы. Статические, равновесные координаты молекул воды в биологической системе часто могут быть измерены непосредственно экспериментально, например, с помощью метода рассеяния рентгеновского излучения. В свою очередь, динамические структурные характеристики связанной воды часто могут быть измерены только как интегральные термодинамические или кинетические факторы. Ключевым фактором в методе классической молекулярной динамики является вид потенциала взаимодействия. Из него выводятся непосредственно термодинамические величины самой системы, также можно получить геометрию и топологию равновесных локальных структур, содержащих небольшое число частиц. Межчастичная (например водородная) связь возникает как равновесное соединение частиц в потенциале, связь в молекулярной динамике - это следствие вида потенциальной функции, например того факта, что у потенциальной функции есть локальный минимум. В нашей детерминированной модели межмолекулярная водородная связь, ее наличие или отсутствие является основополагающим фактором. Пусть нет возможности знать вид межчастичнго потенциала, нет явной аналитической записи потенциальной функции. Но нам известна точно равновесная кристаллическая структура. Для некристаллической структуры, жидкого или связанного состояния, известно, что молекулы воды в основном связаны водородными связями друг с другом или с другими молекулами. Эти связи характеризуются определенной энергией и геометрией: расстоянием между частицами, количеством связей у одной частицы, допустимым углом между связями. Наша динамическая модель основывается на позициях детерминизма статической модели связанной воды Н. А. Бульенкова [2].