ИСТИНА

В рамках создания ингибиторов биосинтеза белка с использованием компьютерного моделирования осуществлен дизайн и синтез аналога пептидил-тРНК, представляющего собой ковалентный конъюгат пептидо-нуклеиновой кислоты (PNA) со «стоп»-пептидом. Такого рода соединения представляют интерес как зонды для изучения функционирования рибосомы и как вещества, на основе которых могут быть созданы антибиотики нового поколения. PNA являются аналогами нуклеиновых кислот, в которых сахаро-фосфатный остов заменен на псевдопептидную цепь с присоединенными к ней нуклеиновыми основаниями. В качестве PNA, предназначенного для адресного связывания с Р-сайтом рибосомы, выбран тетрапептид-нуклеотид, обозначенный здесь, как АССС, цитозиновые основания в котором комплементарны нуклеотидным остаткам G2251, G2252, G2253 23S рРНК, два из которых – G2251 и G2252 - используются пептидил – тРНК при специфическом связывании с Р-участком пептидил-трансферазного центра (ПТЦ), четвертый - вводился в РNA для усиления связывания. По свободной аминогруппе тетра-(PNA) присоединен «стоп»-пептид с последовательностью Ile-Phe-Val-Ile, который, будучи расположенным в рибосомном туннеле, в присутствии тетрациклина вызывает остановку трансляции сигнального полипептида, закодированного в ermC опероне. Твердофазным методом на SASRIN-полимере осуществлен синтез псевдопептида Ac-Ile-Phe-Val-Ile-АССС-Lys-ОН с использованием Fmoc- и Bhoc/ Boc-группировок для защиты аминогрупп основной и боковых цепей, соответственно. Работа выполнена при финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (грант № 10-04-01187-а).