ИСТИНА

N-ацетилтрансферазы – это ферменты, которые катализируют перенос ацетильной круппы с ацетилкофермента А (ацетил-CoA) на ряд субстратов, в частности, ариламины, глутамат и аспартат.Известно два варианта механизма переноса- одностадийный и «пинг-понг», при котором ацетильная группа сначала переносится на белок, и лишь затем на субстрат. Трудности в детальномустановлении механизма реакции путем компьютерного моделирования в случае таких субстратов как аспартат или глутамат состоят в том, что зачастую не известна начальная структура комплекса фермента с ацетил-CoA и субстратом, а в случае, например, белка NAT8L в принципе еще не получена его кристаллографическая структура. В данной работе мы применяем современные методы моделирования для построения трехмерной структуры белка N-ацетилглутаматсинтазы из Neisseria gonorrhoeae (ngNAGS), который катализирует реакцию ацетил-CoA с глутаматом, а также оценки энергетических характеристик интермедиатов реакции ацетилирования. Было показано, что в результате моделирования отлично воспроизводятся положения как N-ацетилглутамата (GLU), так и ряда важнейших остатков в активном сайте (R316, R425, E353, K344). Положения R416 и Y420 не воспроизводятся, но связано это с тем, что в кристаллографической структуре 3B8G присутствует мутация P427S, которая дает место для альтернативного положения Y420, освобождая тем самым позицию дляR416. Мы полагаем, что E353 является основанием в данной реакции, принимая протон от NH3+ группы глутамата в фермент-субстратном комплексе. Затем происходит нуклеофильная атака глутамата на ацетил-CoA с образованием тетраэдрического интермедиата. Наши оценки дают энергетику порядка 20 ккал/моль для такого интермедиата.