ИСТИНА

В основе регуляции генетической экспрессии лежит взаимодействие белков с определенными сайтами молекулы ДНК. Специфичность таких взаимодействий обусловлена локальными структурными неоднородностями ДНК. За последние годы накоплено множество теоретических и экспериментальных данных о структурных неоднородностях ДНК и их зависимости от последовательности нуклеотидов. Один из подходов к изучению структурных неоднородностей ДНК основан на явлении специфичного расщепления ДНК под действием ультразвука [1]. Анализ электрофоретических картин расщепления и их зависимости от условий проведения эксперимента свидетельствует о механохимическом характере разрыва молекул [2,3]. Показано, что наблюдаемая неоднородность расщепления ДНК под действиям ультразвука может быть связана с особенностями конформационной динамики циклов дезоксирибозы в составе молекулы. Анализ данных о расщеплении ДНК различными методами в процессе подготовки проб для секвенирования (NGS) показал, что специфичность расщепления ДНК при использовании не ферментативных методов фрагментации носит универсальный характер и соответствует наблюдаемой специфичности расщепления ДНК под действием ультразвука [4]. 1. Гроховский С.Л., Ильичева И.А., Нечипуренко Д.Ю., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Нечипуренко Ю.Д. Локальные неоднородности структуры и динамики двухспиральной ДНК: исследование при помощи ультразвука. Биофизика. 2008, Т.53, С. 417-425. 2. Sergei L. Grokhovsky, Irina A. Il’icheva, Dmitry Yu. Nechipurenko, Michail V. Golovkin, Larisa A. Panchenko, Robert V. Polozov and Yury D. Nechipurenko. Sequence-Specific Ultrasonic Cleavage of DNA. Biophysical Journal. 2011,V.100.117-125 3. Нечипуpенко Д.Ю., Ильичева И.А., Xодыков М.В., Попцова М.C., Нечипуpенко Ю.Д., Гpоxовcкий C.Л. Моделиpование меxаноxимичеcкого pаcщепления ДНК под дейcтвием ультpазвука. Биофизика, 59, вып. 6, 1061–1070 (2014). 4. Poptsova M.S., Il'icheva I.A., Nechipurenko D.Y., Panchenko L.A., Khodikov M.V., Oparina N.Y., Polozov R.V., Nechipurenko Y.D., Grokhovsky S.L. Non-random DNA fragmentation in next-generation sequencing. Sci Rep. 2014 Mar 31;4:4532.