ИСТИНА

Программа является частью параллельного программного комплекса для согласования больших наборов эволюционных деревьев и построения сценария эволюции - AMALGAM3GL. Программа выполняет несколько функций, применяемых при филогенетическом анализе и реконструкции эволюционного сценария: вычисление цены вложения дерева генов в заданное дерево видов, которая отражает качество согласования деревьев; построение эволюционного сценария для заданных дерева генов и дерева видов; нахождение распределения числа эволюционных событий каждого типа на рёбрах дерева генов и дерева видов; построение супердерева, согласующего исходный набор деревьев генов, с помощью уточнённого критерия суммарной цены вложения. Программа различает 34 типа индивидуальных эволюционных событий и основана на точных алгоритмах с доказанной полиномиальной (кубической) сложностью. Программа позволяет вести параллельную обработку исходных данных большой размерности на суперЭВМ с поддержкой стандартной среды MPI, а при отсутствии среды MPI и на ПЭВМ работает в однопроцессорном режиме, позволяя обрабатывать наборы деревьев умеренной размерности. Для особо сложных функций реализована возможность прерывания и возобновления счета с контрольной точки. Решаемые программой вычислительно трудоёмкие задачи филогенетики важны для фундаментальной науки и для практики, и поэтому программная реализация быстрых строго доказанных алгоритмов является актуальной.