ИСТИНА

Программа PAIRHITS входит в состав комплекса параллельных программ iHCE, который предназначен для поиска высококонсервативных элементов (ВКЭ) в наборе геномов. Она реализует первый этап поиска ВКЭ, а именно, для каждой пары последовательностей ДНК, принадлежащих разным геномам, программа PAIRHITS находит в них все пары приближённо совпадающих участков (слов), такие, что два слова берутся из разных последовательностей и имеют длину и сходство не менее наперёд заданных. Тем самым определяются рёбра исходного большого графа, который на последующих этапах поиска ВКЭ уплотняется при одновременном уменьшении размера графа. Учитывая вычислительную сложность массивно-параллельного алгоритма наряду с невысокими требованиями к памяти и информационному обмену между процессами, программа PAIRHITS предназначена в первую очередь для мультипроцессорных вычислительных кластеров, но работоспособна и на обычных ПК с многоядерными процессорами. Высокая производительность программы при совместной обработке десятков полных геномов достигается благодаря распараллеливанию с использованием библиотек стандарта MPI 2.1 и выше. Запуск и управление программой осуществляется через интерфейс командной строки. Тип ЭВМ: IBM PC-совместимый ПК или вычислительный кластер. ОС: Linux, Windows (64 бит).